21亿美元押注“攻克所有疾病”，AI制药历史上规模最大的私募融资之一

5 月 12 日，Alphabet 旗下 AI 制药公司 Isomorphic Labs 宣布完成 21 亿美元的 B 轮融资，累计外部融资规模达到约 26 亿美元。

 

本轮由 Thrive Capital 第二次领投，老股东 Alphabet 与 GV 跟投，新进股东包括阿布扎比的 MGX、新加坡淡马锡、Alphabet 旗下成长基金 CapitalG，以及英国主权 AI 基金（UK Sovereign AI Fund）。

 

这是 AI 制药历史上规模最大的私募融资之一，投资方版图横跨美国、中东、东南亚与欧洲，标志着公司资本基础的地理多元化。

 

这家公司由 Demis Hassabis 创立并执掌，他与 John Jumper 凭借 AlphaFold 蛋白质结构预测平台共享 2024 年诺贝尔化学奖。

 

 

本轮融资距离 Isomorphic 公开其专有药物设计引擎 IsoDDE（Isomorphic Labs Drug Design Engine）的技术报告刚刚过去 3 个月，该引擎已被业界非正式地称为「AlphaFold 4」。

 

 

Part 1

IsoDDE 的代差

基准上的四项跃迁

 

Isomorphic Labs 在 2 月 10 日发布的技术报告中披露了 IsoDDE 在四项核心任务上的能力：蛋白-配体结构预测、抗体-抗原界面建模、结合亲和力估算、可结合口袋识别。

 

 

在专门测试「跳出训练集」能力的 Runs N' Poses 基准上，IsoDDE 在最难的 0-20% 相似度区间取得 50% 的成功率，AlphaFold 3 仅为 23.3%。独立基准 FoldBench 上，IsoDDE 的抗体-抗原界面准确率达到 75.58%，蛋白-配体界面准确率为 75.99%，AlphaFold 3 对应的成绩分别是 47.90% 与 64.90%。

 

在 334 个新型抗体-抗原复合物组成的留出测试集中，IsoDDE 在 DockQ > 0.8 的高保真区间取得 39% 的准确率，相比 AlphaFold 3 的 17% 与开源模型 Boltz-2 的 2%，提升幅度分别为 2.3 倍和 19.8 倍。当推理时计算量提升到 1,000 个模型种子（model seeds），IsoDDE 在高保真 DockQ 区间的成绩进一步攀升到 59%，抗体上最难预测的 CDR-H3 环准确率达到 84%。

 

结合亲和力预测方面，IsoDDE 在 FEP+ 4 基准上取得平均 Pearson 相关系数 0.85，超过物理基方法 FEP+ 自身的 0.78；在 OpenFE 基准上为 0.73，对手为 0.72；CASP16 盲测任务中为 0.75，次优方案为 0.65。重要的是，IsoDDE 不依赖实验晶体结构作为起始输入。

 

哥伦比亚大学计算生物学家 Mohammed AlQuraishi 在接受《自然》采访时把这一跃迁定义为「与传说中的 AlphaFold 4 相当」的重大进展。

 

 

 

Part 2

Cereblon 的案例

 

口袋识别能力的实战意义，从 Cereblon（CRBN）的案例可以看出。

 

Cereblon 是 CRL4 E3 连接酶复合物的底物受体，参与受损或错误折叠蛋白的泛素化标记。

 

15 年来，业界普遍认为它只有一个可成药位点，即经典的沙利度胺结合口袋。

 

Dippon 等人在 2026 年的一项研究中实验性地发现了一个全新的、远离传统结合位点的隐性变构口袋（cryptic allosteric pocket）。IsoDDE 仅凭 Cereblon 的氨基酸序列，就同时识别出经典口袋与新发现的隐性口袋，并把各自配体（lenalidomide 与 SB-405483）正确折叠回结合位置，RMSD 分别为 0.12 Å 与 0.33 Å。

 

 

对从未被成药的靶点而言，这条路径从序列出发，定位口袋，匹配化合物。

 

 

Part 3

开源社区追的是一个移动的目标

 

IsoDDE 是完全专有的系统。

 

AlphaFold 1 与 AlphaFold 2 曾完全开源，AlphaFold 3 在 Nature 发表时已限制代码访问，IsoDDE 则进一步关闭。

 

Isomorphic Labs 官网将其表述为「打开了 AlphaFold 之外的新前沿」。

 

这一轨迹与生成式 AI 大模型的开放-封闭分化路径一致。

 

Anthropic、OpenAI 与 DeepMind 的 Gemini 均不公开权重，Meta 的 Llama 保持权重开放。当 AI 模型逐渐接近直接商业价值，开放性会消退。

 

对开源研究社区而言，可参照的对象只剩下已发表的基准数据与受限工具。

 

Boltz-2（MIT 与 Recursion 合作开发）、Chai-1、OpenFold3、RoseTTAFold All-Atom 等开源替代品在标准蛋白-配体基准上已经接近或匹配 AlphaFold 3，问题是：AlphaFold 3 已经落后 IsoDDE 一个代际。

 

Nature 在相关报道中援引研究者的话称，开源开发团队「在猜测」如何复现 IsoDDE 的结果。

 

 

Part 4

资本与临床之间，21 亿美元的真正悬念

 

代差已经成立，然而临床仍是空白。

 

Hassabis 在 2026 年 1 月的达沃斯论坛上，把该公司首项临床试验启动时间从 2025 年底推迟到 2026 年底。截至本轮融资公布之日，没有任何患者接受过 Isomorphic 设计的化合物。

 

21 亿美元押注的真正悬念，在于基准上的代差能否转化为临床上的疗效与安全性，还需要至少一年的时间检验。

 

 

Isomorphic 目前推进 17 个内部药物开发项目，覆盖肿瘤、免疫与心血管三大领域，同时与诺华、礼来、强生维持合作关系。这三方合作既是技术验证，也是现金流来源。该公司在伦敦设总部，在马萨诸塞州剑桥与瑞士洛桑设有研发中心，本轮募资将用于扩招 AI、工程、药物设计与临床开发人才。

 

Hassabis 的目标设定在 AI 行业高管中相当少见，他在达沃斯 2026 论坛上把公司使命定义为「利用 AlphaFold 与我们的科学工作和 Isomorphic 这家分拆公司，攻克所有疾病、治愈疾病」。本轮融资新闻稿沿用了几乎相同的表述：「我们攻克所有疾病的使命」。OpenAI 的 Sam Altman 在 2025 年初使用过类似的「治愈所有疾病」框架，目前已收敛为「治愈疾病」的版本。

 

 

编辑手记：

 

IsoDDE 在专有化路径下抢得代际身位，对全球 AI 制药格局形成三重影响——

 

第一，开源社区被迫追赶一个已经移动的目标。

 

第二，大型药企在与 AI 平台方合作中的议价话语权趋弱。

 

第三。资本市场对 AI 制药的估值锚点，正从「发表论文」转向「内部管线推进速度」。

 

剩下的问题是，21 亿美元能否在 2027 年之前把基准上的代差兑现为可以读临床数据的化合物。Hassabis 把悬念留给了行业。

 

综合参考自 Isomorphic Labs 等相关企业官网及新闻稿，Drug Discovery & Development、Clinical Laboratory International、Nature 等

 

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来源：国际医药商情

作者：John Xie